«Система и филогения цветковых растений» — книга, в которой идет речь об эволюционном процессе, адаптивной эволюции, языке систематики и таксономии. Отдельная часть пособия повествует о покрытосеменных, двудольных магнолиевых и однодольных линейных.
Эволюцию можно определить как распространение единично возникающих наследственных изменений (мутаций) на некоторое множество организмов (популяцию и систему популяции).
В пособии «Система и филогения цветковых растений» Тахтаджян говорит об эволюции, которая происходит на основе непрерывно идущего в природе процесса мутационной изменчивости, доставляющего сырой материал для постоянно действующего механизма естественного отбора.
В книге Тахтаджяна говорится, о том, что если в онтогенезе имеется множество фиксированных ограничений, прежде всего ограничении, присущих самому генетическому коду, то эволюция есть процесс, характеризующийся преимущественно (хотя и не исключительно) вероятностными ограничениями. При этом она во многих отношениях представляет собой сложный марковский процесс (процессы Маркова), т.е. как бы «случайные блуждания», когда вероятность данного события зависит от вероятности нескольких предыдущих «шагов», но не зависит от их предыстории. Эта стохастическая концепция развития, описанная в «Система и филогения цветковых растений», прямо противоположна различным теориям ортогенетического характера, согласно которым эволюция является программированной и ее направление как бы уже задано особенностями структуры организма.