Методические рекомендации «Биоинженерия», написанные под авторством Балдаева, предназначены для студентов, обучающихся на специальности биотехнология. Главным образом говориться о стерилизации питательной среды, определении плотности, а также размеров дрожжевых клеток. Отдельная глава посвящена вопросам, касающимся стерилизации воздуха, методов стерилизации, видов и качества микроорганизмов в воздухе. Балдеев акцентирует внимание на процессах ферментации, механическом перемешивании и механическом разрушении клеток.
Методические рекомендации «Биоинженерия» содержат лабораторные работы по выше описанным темам.