Нетрусов посвятил книгу помимо общих понятий, еще и экологическим понятиям, а именно рассмотрел популяцию, сообщество и экосистему, а также говорит о взаимосвязях и месту м/о в биосфере, говорится про их экофизиологию.
«Экология микроорганизмов» – это описание представителей экстремальных мест, воды, почвы, а также их значение в глобальных циклах элементов, взаимоотношения микроскопических организмов, животных и растений, значение симбиозов прокариот с протистами и м/о в эволюции биосистем.
Экология микроорганизмов включает также и микробные процессы в биотехнологии окружающей среды. Здесь говорится о биоразрушениях, биологической обработке органических отходов. Уделено внимание особое методам экологии микроорганизмов, а именно их выделению из экониш, их культивирование, генетически модифицированные микроскопические организмы (ГМО), молекулярная экология микроорганизмов и микроскопирование, разнообразие прокариот и их распространение в природе, роль м/о в биогеохимических процессах.