Во втором томе книги «Молекулярная биология клетки» идет речь о внутриклеточной сортировке макромолекул и сохранении клеточного компартмента, компартментации в клетке высшего организма, транспорте белков и РНК в ядро и в обратном направлении. Автор приводит понятия цитозоля, пероксисомы, эндоплазматического ретикулума, транспорта белка в митохондриях и хлоропластах. Описывается аппарат Гольджи и секреторная деятельность клетки, транспорт веществ, ядро и его компоненты. Также представлен структурный анализ и репликация хромосомы, синтез и процессинг РНК, инициация транскрипции, генетическая экспрессия, эволюция ядерного аппарата и другие моменты.