Второй том книги «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных» описывает структурную и органологическую дифференцировку в телах низших животных, нервный аппарат, судьбы и производные киобласта, органы чувств членистоногих, производные фагоцитобласта.
Беклемишев в одной из глав описал возникновение и развитие пищевого тракта, выделительных и мышечных систем. Второй там также вместил характерную особенность Metazoa, которая заключается в многослойном клеточном расположении, при образовании наружными клетками сплошной пластинки, которая ограничивает тело от воздействия окружающей среды.
В «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных» говориться о возрастающей обособленности организма от непосредственного воздействия внешней среды, разделении функций между ее физическими и химическими свойствами, а также их дифференцировка.