Во второй части книги «Зоология позвоночных» идет речь об анимиях и амниотах. Наумов представил подробное описание класса пресмыкающихся или рептилий, привел характеристику классов, рассказал о происхождении и эволюции пресмыкающихся, системе классов, а также широко рассмотрел современные группы, делаю акцент на особенностях в организации пресмыкающихся. Наумов также привел знания, касающиеся поведения и образа жизни, описал важность пресмыкающихся для человека. В отдельной главе книги о зоологии позвоночных приведены сведения о процессе становления теплокровными животными. Сюда входит глава о возникновении птиц, их классы, а также описание млекопитающих и зверей.