Шлегель в своей книге «Общая микробиология» приводит полезные знания по многим темам. Одной из первых рассмотренных тем является положение микроорганизмов в природе. Здесь идет речь о животных, растениях и протистах, прокариотах и эукариотах, общих свойствах микроорганизмов. Вторая глава пособия посвящена клеткам, а также анализу их структурных особенностей. В ходе ее написания были рассмотрены эукариотические прокариотические клетки, говорится об грам-отрицательных и грамм-положительных кокках, коринеформных бактериях, минобактериях, палочках и кокках, которые образуют эндоспоры, псевдомонадах, метанобразующих бактериях и других архебактериях.
В четверной главе книги «Общая микробиология» Шлегель ведет речь о вирусах, их распространении и структуре. Рассматривает бактериофаги, образование опухолей, а также отношение к этому процессу вирусов и плазмид. Подробно описывает грибы, а также такие говорит о акразиомицетах, миксомицетах, фикомицетах и аскомицетах.
Отдельная глава посвящена росту микроорганизмов. Здесь идет речь об их росте, питательных средах, типах питания, элективных методах культивирования, ростовой физиологии и о многом другом. Шегель также вместил описание основных механизмов обмена веществ, а также преобразования энергии, типов брожения, переноса электронов в анаэробных условиях, неполных окислений и многих других, важных для более подробного изучения тем.